Писатель Джулиан и его подруга, мангака Тиэ, попадают в необычное кафе с загадочной управляющей, где знакомятся с потерявшимся мальчиком по имени Акира. Они решают помочь Акире вернуться домой и отправляются вместе в путешествие к горе Страха. В ходе этого пути им предстоит собрать легенды о различных мистических существах, известных как монстры-ёкаи, среди которых есть и безобидные, и опасные. В их странствиях сочетаются реальные события, вымысел и потусторонний мир.

Героям приходится столкнуться с разными испытаниями, включая посещение Ночного парада ста духов, переход через границы другого мира и встречу с необычными созданиями. Во время путешествия они также стремятся раскрыть загадку, связанную с Акирой. Все действие разворачивается на фоне мистики, народных мифов и приключений, при этом персонажи сталкиваются с трудностями, которые требуют от них принятия важных решений и проявления смелости. 100 легенд Токийского кафе призраков содержит разнообразные рассказы, которые объединяет поиски смысла, вопросы надежды и потерь, а также неоднозначное восприятие грани между реальностью и фантазией.