Академия ведьмочек: Непутёвая ведьма и страна фей Момо Татибана рассказывает о девушке по имени Ацуко Кагари, которую называют Акко. Она приехала из Японии, чтобы обучаться в престижной Луна Нова, академии для ведьм. Акко давно мечтала стать настоящей ведьмой, но обнаружила, что обучение требует много учёбы и строгих правил, что отличается от её представлений о магии. Главным событием становится школьная экскурсия на холм Дорас, где Акко знакомится с девушкой по имени Сифла, которая охраняет это место. Во время поездки Сифла сообщает, что её кот и собака исчезли.

Акко вместе с подругами — Лоттой и Сюси — решают помочь и найти пропавших животных. Их задача осложняется необходимостью попасть в страну фей, куда нельзя входить без разрешения. В основе сюжета лежит поиск и преодоление препятствий, связанных с магией и правилами мира, а также стремление Акко доказать себе и окружающим свои возможности и преданность. На протяжении истории герои сталкиваются с трудностями и опасностями, которые требуют от них проявить смелость и решительность. Главный конфликт строится вокруг задачи найти друзей Сифлы и разобраться в особенностях волшебного мира, где не всегда рады незваным гостям.