Развитие сюжета начинается с вступления главного героя в мир Infinite Dendrogram и его попыток понять особенности игры. Постепенно он сталкивается с различными вызовами: от выполнения заданий и исследований до противостояния другим игрокам или игровым угрозам. В ходе событий герой учится принимать решения, которые влияют на развитие его персонажа и взаимодействие с миром. При этом система «Эмбрион» адаптируется под изменения в его стиле игры и характере.

Одной из главных проблем становится баланс между безопасностью и опасностями, которые присутствуют как в самой игре, так и в отношениях с другими игроками и неигровыми персонажами. Сюжет затрагивает вопросы взаимодействия человека с виртуальной реальностью, особенности поведения персонажей и возможность формирования собственного пути внутри игры. Рэйдзи предстоит выбирать, как продвигаться дальше, сталкиваясь с внутренними и внешними конфликтами, связанными с игрой и её реалиями.

История акцентирует внимание на том, как решения и действия героя влияют не только на его виртуальный опыт, но и на становление его личности в этом фэнтезийном мире. В конечном счёте, сюжет остается сосредоточенным на сочетании реального и игрового миров, а также на взаимосвязи между ними через призму памяти и личного роста.