Появляется круг людей, среди которых программисты из крупных технологических компаний, знатоки истории и литературы, а также поклонники фантастики. Они объединяются для изучения загадок, связанных с этим магазином и шифрами, которые могут иметь давнюю историю. Герою приходится балансировать между требованиями работодателя и собственным стремлением понять тайны книг и истории места, в котором он оказался. Основная проблема заключается в невозможности просто так взять и прочитать книгу, что усложняет поиск информации и разоблачение загадок.

С каждой новой подсказкой и открытием герой и его новые знакомые сталкиваются с все большими трудностями, связанными с разгадкой сложного шифра, частично скрытого в книгах магазина. Сюжет развивается как череда попыток преодолеть запреты и найти истину в условиях ограниченного доступа и наличия множества загадочных деталей. Решения героя влияют на его положение и заставляют переосмыслить роль книги и знания в современном мире.

В итоге ситуация открывает вопросы о тайнах, скрытых в литературе, и о том, как современный человек воспринимает и взаимодействует с прошлым. Круглосуточный книжный мистера Пенумбры представляет собой историю, где знания заключены в необычных книгах и где главный герой вынужден делать выбор между следованием правилам и желанием понять загадочный мир магазина.