Крысиное чудовище — это история о Марке Кэссиди, который после смерти получает второй шанс и перерождается в другом мире, сильно отличающемся от Земли. В новой жизни у него появляется RPG-система, существенно влияющая на его возможности и развитие. Во время перерождения Марк обманывает богиню, и в ответ она превращает его в существо в виде крысы. Несмотря на необычное и неприятное превращение, Марк не стремится к мести, а намерен использовать получённые способности, чтобы обрести силу и расплатиться за новую жизнь. Главной задачей героя становится выживание и повышение своей мощи в этом фантастическом мире, где предстоят различные испытания.

Система, которой он обзавёлся, помогает ему развиваться и искать способы преодолеть ограничения новой формы. В процессе герой сталкивается с вызовами, связанными с особенностями своей трансформации и необходимостью действовать осторожно, чтобы не раскрыть себя преждевременно. Постепенно сюжет развивается вокруг борьбы Марка за укрепление своих сил и адаптации к новым условиям, а также вокруг поиска возможностей использовать свои навыки в условиях, где он изначально оказывается уязвимым и неправильно понятым. Главный конфликт строится на противостоянии героя с обстоятельствами и ограничениями, наложенными превращением, а также на его стремлении изменить положение, не вступая в открытое противостояние с богиней.