«Марвел: Войди в cистему в начале игры» рассказывает о тринадцатилетнем мальчике по имени Леон, который оказывается во вселенной Marvel и подвергается жестоким экспериментам. Его жизнь усложняется, когда он становится объектом опытов, испытывая боль и страдания. В отчаянии Леон активирует систему входа и получает особый силуэт — сияющий фрукт, который значительно меняет его возможности. Благодаря этому он пробирается через секретную базу, освобождая четырнадцать других детей, тоже находившихся в плену и подвергавшихся испытаниям. Среди спасённых оказывается близнец, связанный с известным персонажем комиксов — Алой Ведьмой, Вандой, что раскрывает Леону истинный масштаб событий и его попадание в сложный и опасный мир Marvel. В ходе побега ему удаётся обрести технику солнечного дыхания, необходимую для тренировки и поддержки близнецов.

В дальнейшем Леон берёт на себя управление и обучение детей, сталкиваясь с различными опасностями во вселенной, включая противостояние с организацией ГИДРА и сражения с могущественным тёмным лордом Дормамму. Герою предстоит пройти через испытания, включая столкновения с потусторонними силами и одоление могучих врагов, чтобы выйти на новый уровень и приблизиться к становлению мировым богом. Все ключевые события запускаются благодаря активации системы и получению особого фрукта, что даёт усиление и силу изменить сложившуюся ситуацию. Основной конфликт связан с борьбой за выживание, защитой спасённых детей и противостоянием могущественным врагам во вселенной Marvel. Леону приходится принимать важные решения, связанные с управлением новой силой и обучением подопечных, что влияет на развитие сюжета и его дальнейшую судьбу.