Ми-ми-мишка повествует о пятнадцатилетней Юне, которая начала играть в первую в мире VRMMO. Она стала успешной в финансовом плане, заработав миллиарды иен на акциях, и из-за своего увлечения игрой перестала посещать школу, предпочитая оставаться дома. В день крупного обновления в игре Юна получает редкий и непередаваемый костюм медведя. Однако экипировка вызывает у неё смущение, и она не решается носить её даже внутри виртуального мира. Ситуация меняется, когда после участия в опросе по обновлению и перезапуска игры Юна оказывается не в знакомой игровой обстановке, а в незнакомом лесу, всё ещё в костюме медведя.

Она сталкивается с вопросом, где находится — возможно, в другом мире или под воздействием какой-то внешней силы. При этом использование костюма несёт определённые риски: если она остаётся в нём, её могут обвинить в мошенничестве, а если снимает его, то становится обычной девушкой без особых возможностей. Перед ней встают новые задачи и выборы, которые связаны с необходимостью освоиться в новых условиях и понять, как действовать дальше. Начинается серия приключений, в которых Юна старается поступать согласно своим желаниям и возможностям. В основе сюжета лежит конфликт между её прежним опытом в виртуальном мире и неожиданными обстоятельствами, требующими адаптации и принятия решений, способных изменить её ситуацию.