Наруто: Некрономикон разворачивается в мире Шиноби, где царят опасности, чудовища и насилие. Главным героем является маленький мальчик Наруто, который живёт в детском приюте и при этом носит в себе нечто необычное. Его судьба меняется после того, как в приюте появляется загадочный фолиант — Некрономикон. Этот таинственный том содержит знания, которые способны глубоко повлиять на реальность и судьбы обитателей мира. Появление книги запускает череду событий, связанных с мистическими и сверхъестественными силами, меняющими окружающий мир и самого Наруто.

В процессе развития сюжета Наруто сталкивается с новыми угрозами, связанными с природой и силой Некрономикона, а также с воздействием, которое книга оказывает на его способности и состояние. Главный герой оказывается в ситуации, когда ему приходится разобраться в тайнах книги и принять сложные решения, которые влияют не только на его жизнь, но и на баланс в мире. Сюжет сосредоточен на противостоянии с внутренними и внешними силами, связанными с опасностями постапокалиптического окружения, мистическими сущностями и неожиданными изменениями повседневности. Развитие событий приводит Наруто к осознанию высокой цены за обладание знанием и власти, что задаёт основной конфликт произведения.