Наруто после смерти оказывается в новом мире, который отличается от того, что он оставил позади. Он воспринимает свое существование как перерождение, но сталкивается с ощущением утраты: здесь нет его мамы и папы, а место, куда он попал, называют Обществом Душ. Главный герой не принимает прежние цели и устои, связанные с его прошлой жизнью, и решает отказаться от роли Хокаге и идеи Воли Огня. Вместо этого он выбирает путь Шинигами, стремясь найти Общество Душ в этом мире и отыскать своих родителей.

С течением времени Наруто становится значимой фигурой — Повелителем Сейрейтей, главнокомандующим Готей 13 и Джинчурики Десятихвостого. В таком положении он поднимает меч, чтобы объявить о начале нового порядка, который должен изменить существующую систему. В основе истории лежат его внутренние поиски и борьба с обстоятельствами, которые заставляют пересмотреть прежние ценности и принять новые решения в необычном, наполненном духовной силой и сверхъестественными явлениями мире.