Система Майнкрафта в Наруто повествует о Чжоу Мине, офисном работнике и заядлом игроке, который внезапно умирает и перерождается в мире шиноби в теле младенца Наруто Узумаки. Обнаружив у себя систему Minecraft с более чем тремя сотнями модов, он оказывается в мрачном пространстве печати, где заточен Девятихвостый лис. Главный герой решает изменить окружающую его обстановку, используя новые возможности своей системы. Девятихвостый, изначально настроенный враждебно, становится свидетелем того, как Наруто с необычной лёгкостью рубит деревья, строит дома, добывает ресурсы и создает удивительные предметы, что вызывает у него растущее недоумение.

Сюжет разворачивается вокруг попыток Наруто адаптироваться к новому миру и использовать свои способности для преобразования пространства вокруг себя. Возникающий конфликт главным образом связан с необходимостью справиться с особенностями системы и внешними ограничениями игрового мира, а также с влиянием на отношения с Девятихвостым. Главный герой сталкивается с вызовами, связанными с управлением предметами и силой системы в физическом мире, и решает уделять внимание развитию своих умений и строительству безопасной среды. В итоге развивается история о становлении Наруто в необычных условиях и поисках баланса между способностями и реальностью окружающего мира.