Создание Фонда SCP для Сдерживания Аномалий рассказывает о Такамине Харуто, который оказался в мире, объединяющем героев и сущностей из разных аниме. В этом мире рядом с ним находятся его подруга детства Эрири, одноклассница по парте Юкиношита, школьная красавица Кагуя и новая соседка Габриэль. Сначала Харуто надеялся вести обычную, спокойную жизнь в этой повседневности. Однако вокруг него появляются необычные и опасные аномалии: от таинственной Женской Особи Энни и людоедки Камиширо Ризе до бетонной статуи, способной ломать шеи тем, кто отведет взгляд, застенчивой сущности с охотничьими наклонностями и бессмертной ящерицы, для которой нет предела эволюции и адаптации. Эти аномалии создают постоянную угрозу стабильности реального мира и безопасности окружающих. Чтобы противостоять таким опасностям и контролировать их, Харуто основывает Фонд SCP, организация которого занимается сдерживанием и изучением аномалий из разных уголков Вселенной.

Основной конфликт заключается в том, что главному герою приходится балансировать между сохранением привычной жизни и необходимостью управлять постоянно растущим числом сверхъестественных явлений. Он сталкивается с необходимостью принимать меры для защиты общества, контролируя опасные сущности, и выстраивать систему, которая позволит удерживать угрозы под контролем. Развитие сюжета связано с созданием и совершенствованием инфраструктуры Фонда, поиском способов взаимодействия с аномалиями и решением возникающих проблем безопасности. События разворачиваются в условиях параллельного существования привычного мира и сверхъестественного, что требует от Харуто и его команды серьезных усилий и стратегического подхода. В результате их действий сложившийся порядок начинает принимать более устойчивую форму, однако вопросы сдерживания и контроля аномалий остаются ключевыми.