Только с твоим сердцем повествует о Чизуру Аясэ, молодой сотруднице, которая скрывает от окружающих необычное прошлое. Во время летних каникул в старших классах её по загадочным обстоятельствам вызвали в другой мир, где она стала спасителем этого мира. Там она встретила и влюбилась в «Рыцаря Пламени» — важного героя, с которым её связывали особые отношения. После возвращения в привычную жизнь Чизуру продолжает нести в себе переживания и чувства, связанные с тем прошлым, что создаёт внутренний конфликт между двумя мирами.

Её задача заключается в том, чтобы справиться с последствиями случившегося, найти своё место в настоящем и принять сложные решения, связанные с любовью и обязанностями. Сюжет развивается на фоне противоречий между долгом и личными чувствами, а также между миром, где она была героем, и реальностью, в которой оказалась после возвращения. На протяжении событий возникают трудности, вызванные разрывом между этими существующими в её жизни мирами, что заставляет героиню переосмысливать своё прошлое и настоящее. В центре внимания оказывается неразделённая любовь Чизуру и её борьба за понимание себя в условиях, которые требуют выбора между разными сторонами её жизни.