Аккуратная и симпатичная девочка в моей новой школе — подруга детства, с которой я играл, думая, что она мальчик, рассказывает о Хаято Киришиме, который переезжает из сельской местности в город и начинает учиться в новой школе. Он оказывается в окружении новых людей и испытывает смешанные чувства из-за смены обстановки. Особенное место в его жизни занимает Харуки Никайдо — давняя знакомая из детства, с которой он много играл в деревне, считая ее мальчиком. Теперь Харуки предстает перед Хаято как аккуратная и милая девушка, но ее поведение остается таким же непосредственным, как и раньше.

Развитие сюжета начинается с того, что Хаято вновь встречает Харуки в школе и пытается наладить с ней отношения, сталкиваясь с изменениями во внешности и характере подруги, а также с собственными воспоминаниями. Основные события показывают взаимодействия между ними и другими одноклассниками, которые замечают особенность Харуки и проявляют интерес к ней. Внутренний конфликт героя связан с необходимостью приспособиться к новой социальной среде, понять, насколько изменились отношения с Харуки, и справиться с ностальгией по прошлому....