Цветы, которые мы увидели сквозь слёзы — это любовный роман, в центре которого находится Мио, школьница, познакомившаяся в младших классах с мальчиком по имени Такэру. Их встреча произошла возле больницы, где они оба проходили лечение, и с тех пор между ними завязалась переписка, которая постепенно сближала их. В старшей школе Мио и Такэру снова встречаются, и она узнает, что её давний друг по переписке оказался популярным футболистом. Они начинают видеться каждую неделю, и их отношения кажутся крепкими и искренними.

Однако ситуация меняется, когда Мио выясняет, что в её классе не существует ученика по имени Такэру Амаги, что вызывает у неё сомнения и ставит под вопрос истинность её чувств и отношений. Главная героиня сталкивается с неожиданным конфликтом — она должна разобраться, кто на самом деле этот молодой человек, в которого она влюбилась, и понять, что стоит за его личностью и поведением. Эта неясность становится источником внутренних переживаний и сомнений....