Король игр написан Кацухико Тиба и рассказывает о жизни десятиклассника Юги Муто. Однажды Юги собирает Загадку Тысячелетия, в которой долгое время была заперта душа Безымянного фараона, утратившего память. После этого в сердце Юги появляется особая сущность — Король игр, которая берет управление телом мальчика в критические моменты, связанные с опасностью или сильными внутренними переживаниями. Это создает сложную ситуацию для Юги, в которой реальность переплетается с мистическими и психологическими испытаниями.

Сюжет первых трех глав основывается на событиях оригинальной манги Yu-Gi-Oh!. Они фокусируются на дуэлях и испытаниях, через которые проходит Юги, раскрывая его внутренний мир, отношения с соперниками и задумчивые моменты, связанные с карточной игрой и загадочным фараоном внутри него. В четвертой главе история выходит за рамки оригинала. Перед Королем игр встает новая задача — сразиться с Кибер-Кайбой, таинственным терминалом, который управляется огромным суперкомпьютером. Этот терминал был создан как замена настоящего Сето Кайбы, когда тот не мог руководить своим делом. Кибер-Кайба стремится превзойти своего создателя и для этого требует дуэли с Юги....