Наши одноклассники не знают, что мы занимаемся сексом в твоей комнате рассказывает о жизни Тоямы, тихого и неприметного старшеклассника-интроверта. Его повседневность меняется после одного ночного похода за презервативами, которые нужны ему для отношений с девушкой по имени Такаи Юми. Во время этого похода Тояму замечает Марика Уэхара, красивая и влиятельная одноклассница, с которой он раньше почти не общался. После этой встречи Уэхара начинает проявлять к нему интерес и пытается завязать с ним разговоры, что становится началом нового этапа в жизни Тоямы.

Главный герой оказывается в ситуации, когда спокойное течение его школьной жизни нарушается вниманием со стороны учеников из высшей касты класса. Со временем возникают сложности, связанные с недопониманиями и слухами, которые влияют на отношения Тоямы и близких ему людей. Ему приходится справляться с давлением со стороны окружающих и выбирать, как сохранить свои личные границы и отношения, которые для него важны....