По какой-то причине Школьная богиня любит тусоваться у меня дома рассказывает о жизни Токиваги Товы, обычного старшеклассника, который большую часть времени работает на полставки и ведёт далекий от идеала образ жизни. Его дни проходят в постоянной суете между учебой и подработкой, а домашние дела и учеба зачастую остаются без должного внимания. Всё меняется, когда он неожиданно знакомится с Вакамией Рин, самой популярной и успешной девушкой в их школе. Несмотря на разницу в социальном положении и образе жизни, они оказываются связаны обстоятельствами, которые постепенно сближают их. Хотя их исходные позиции кардинально различаются — Токиваги живет простой и достаточно незаметной жизнью, а Вакамия считается своеобразной "школьной богиней" с безупречной репутацией и притягательной внешностью, — события заставляют их взаимодействовать и узнавать друг друга с другой стороны.

Сюжет развивается вокруг попыток Токиваги справиться с трудностями обычной жизни, в том числе с нехваткой времени и усталостью, и с готовностью Вакамии помогать ему учиться и делать повседневные дела. Эти обстоятельства ведут к возникновению конфликтов и недопониманий, а также к необходимости искать компромиссы, учитывая различия в характерах и взглядах. Решения Токиваги связаны с тем, как найти баланс между своими обязанностями и новым окружением, а Вакамия учится поддерживать человека, чья жизнь сильно отличается от её собственной. В конечном счёте, их отношения меняются, благодаря чему оба персонажа растут и лучше понимают себя и друг друга, находя общие точки соприкосновения в рамках своих различий.