Система спасения безумных злодеек! — это история о молодом человеке, который умер во время апокалипсиса от укуса зомби-младенца. Несмотря на смерть, он не получил покоя, потому что оказался связан с особой системой, которая возложила на него необычную миссию. Его задача — путешествовать через пространство и время, чтобы спасать женщин-злодеек из разных миров и ситуаций по всей мультивселенной. Главный герой сталкивается с необходимостью разбираться в сложных эмоциональных состояниях таких персонажей и предотвращать трагические исходы их судеб.

В центре повествования находится борьба с внутренними и внешними противоречиями, вызванными любовью и безумием, которые влияют на судьбу злодеек и окружающих их миров. Герою приходится принимать решения, касающиеся спасения и изменений судеб, что отражается на его собственном положении и восприятии действительности. Сложности и конфликты, возникающие в ходе выполнения миссии, оплачиваются постоянным переосмыслением собственного места и роли в происходящем. Внимание уделено психологическим переживаниям, драматическим ситуациям повседневной жизни, а также особенностям школьной среды, в которой разворачиваются многие события. Обстановка постапокалипсиса и романтические мотивы становятся дополнением к основному конфликту, оформляя границы сюжета и развивая тему ответственности за чужую судьбу.