Моя Геройская Академия должна познать Боль! начинается с того, что главный герой, Исаак Фостер, обычный школьник и большой поклонник аниме «Наруто» и «Моя Геройская Академия», неожиданно погибает в несчастном случае. Вместо того чтобы полностью исчезнуть, он встречает самопровозглашенного бога, который предлагает ему исполнение некоторых желаний и возможность перерождения в новом мире. С этого момента жизнь Исаака меняется кардинальным образом, и он оказывается вовлечен в события, сочетающие повседневность школьной жизни и мистические, сверхъестественные явления. Новое окружение приносит герою не только привычные задачи подростка, но и необычные испытания, связанные с его новым положением и способностями.

Конфликты в сюжете строятся вокруг необходимости адаптироваться к изменившимся обстоятельствам, совмещая привычные школьные проблемы с борьбой против мистических сил. Главному герою предстоит принимать решения, которые влияют как на его личное развитие, так и на взаимоотношения с окружающими. В центре внимания оказывается поиск пути в новом мире, где реальность пересекается с мистикой, а обучение в школе становится частью более сложной борьбы. Развитие событий показывает, как Исаак старается сохранить контроль над своей судьбой, несмотря на внешние угрозы и внутренние сомнения. В итоге сюжет фокусируется на его попытках разобраться в новых правилах жизни и справиться с теми испытаниями, которые заставляют его переосмыслить свое прошлое и настоящее.