Великий из Бродячих Псов: Мертвое яблоко – это история, в которой Накаджима Ацуши вместе с Изуми Кёкой и враждебно настроенным Акутагавой Рюноске ведут расследование серии загадочных самоубийств одарённых людей по всему миру. Эти трагические события стали причиной, по которой Вооружённое Детективное Агентство взялось за поиски Шибусавы Тацухико, подозреваемого в связях с загадочными происшествиями, происходящими в условиях лёгкого тумана. Действие разворачивается спустя шесть лет после Конфликта Головы Дракона – кровавого столкновения, изменившего облик города Йокогама.

Главные герои оказываются в ситуации, когда им приходится распутывать сложную цепочку событий, которая, по-видимому, связана с прошлым и с ключевыми фигурами этого конфликта, включая Шибусаву, загадочного демона Федора и исчезнувшего Дазая Осаму. Следуя по следу подозреваемого, они сталкиваются с непредсказуемыми обстоятельствами и сталкиваются с внутренними и внешними угрозами, которые ставят под сомнение и силовые, и моральные аспекты их миссии....