Главные конфликты возникают из-за того, что изменения в прошлом вызывают противостояния между ключевыми персонажами, когда трагедии и вызовы перестраиваются заново. Цукиими сталкивается с необходимостью принимать решения, которые влияют на судьбы многих людей и целых кланов, а также на баланс сил в мире шиноби. Его действия приводят к исчезновению трагедий, к которым все привыкли в оригинальной истории, что меняет не только жизнь отдельных героев, но и общий ход истории.

В ходе сюжета Цукиими получает множество наград и значительно усиливается, овладевая важными способностями и даже телом Мудреца Шести Путей. Его рост и развитие связаны с постоянным ростом запаса чакры и развитием мастерства, что позволяет ему реализовывать свои замыслы. В итоге перед читателем разворачивается история о том, как один человек с особенными дарованиями стремится создать новый мир шиноби, свободный от прежних трагедий и конфликтов, управляя своей силой и влиянием на протяжении многих веков.